方舟子和他的新语丝网站，无疑起了许多积极的作用。

这不是说，他没有错，没有值得改进之处。

本文提出几点批评。

1）方舟子选登的文章，质量参差不齐。他自己写的批判文章，相当多比较合情合理，特别是文字总是文明。但是，其他文章中质量差的不少，也有不文明的。如果方舟子能把住文章质量的关，要求作者修改文章，不合格的不用。在文明程度上，其标准可以要求其他作者接近方舟子，可能就是较大的改进。文章不在多，而在好。质量关把好了，投稿的人也会更多。

2）批评的对象和问题，选择性有待提高。如果批判很小的事情、相当不确定的事情，不仅效果不好，失去一些人，还可能起反作用，误斗积极推动国内良性改革的人。

3）批评和反批评的时候，对于支持自己观点的人，也要对其文章质量有要求，不能因为观点一致，什么人的文章、什么文字都接受，不文明的人支持自己，用了他们的文章，使有些读者感到打群架似的，反而降低了说服力，损害了支持方。

4）避免出现对批评过的人一直批。这种事情，可能是其他投稿者做的，但把关在方舟子。批过的人，以后没有事情，或者实在不是什么事情，不用一直批，所谓有理有节。

5）对于需要专业判断的事情，应该特别慎重，批判的范围不能太宽，尤其不宜深入专业领域内。

最近有人挑方舟子1996年JBC文章的毛病，就犯了越界乱批的错误。断定方舟子造假者，要么是故意为了反方舟子而反，要么不懂生物化学论文的情况。如果平时看过类似论文，就知道怎么回事。对于不懂而有疑问的人，也许参阅朱猛进的文章会有所帮助（http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=347470）。再要继续争论者，可以去学点生物化学、然后试读1996年度全年的JBC刊物（一年很多期，够一个暑假看的）。

同样的道理，当新语丝批评其他人这种问题时，也需特别慎重。因为被批者还在做科研，在新语丝示众后留下不好印象，即使学界没有问题，公众舆论可能还存疑，就可能不公平。把施一公的一篇Science文章拿出来批，就明显不妥。那是一个竞争课题，施一公实验室发表第一篇文章，紧接着美国 Brandeis大学美国人实验室另一篇Nature文章。两个实验室结果不同，自然各自以为自己对。事实上，施一公实验室继续做实验，后来再发表了第二篇Nature，解析出来的结构其分辨率高于前面两篇文章，搞清楚了原来的两篇文章不一样的原因，最后这篇文章才得到最好的结果。这本来是科学发展的常规。但是，美国实验室第一作者也是华人，不知道是该作者还是其朋友、熟人、或知道这两篇论文的其他什么人，给新语丝投稿说施一公实验室第一篇文章有错。看到这种稿件时，方舟子不能因为以前批过施一公，就帮他的对手。而且，等到施一公实验室第二篇定音之作发表后，新语丝并未刊登澄清的文章（当然也大概没人投稿），对不清楚来龙去脉的读者，可能还留有错误的印象以为施一公实验室有过什么问题，而不知道是两个实验室竞争，最后全胜还在施一公实验室，而不是其美国竞争实验室。这种问题，如果正规媒体参与，需要有始有终，而新语丝没有人力做不到，所以，新语丝定义完全不参与此类争论才比较合适。

对于四川大学的魏于全，可能有人有微词。但他的Nature Medicine论文，是否有问题，就是很严肃的事情。在争论期间，Nature记者曾经找过我，我不懂，专门请研究免疫的专家全文通读论文，而专家说从论文本身不能发现造假。在这样的情况下，很多人匿名批他就不妥。有其他比较确凿证据的事情才可以。

所以，第5个方面是最难的事情，尽量慎重不为过。其中，科学界很多会自身料理的（如国际杂志上竞争发表的工作），顺其自然，媒体不参与，可能更合适。